面对独立站不发货被查的情况，应及时采取以下策略：主动与客户沟通，诚恳道歉并解释原因，提出解决方案；尽快补发货品，确保客户权益；完善内部管理，防止类似事件再次发生；加强法律意识，合规经营。通过这些措施，可最大程度减轻负面影响，恢复客户信任。