独立站卖药材存在合法与违法风险。合法经营需具备相关许可证，如《药品经营许可证》等，并遵循药品管理法规；违法风险包括无证经营、销售假药、违规销售处方药等，可能面临法律责任。建议详细了解相关法规，确保合法合规经营。